仁科芳雄博士の没後，「博士の偉大な業績を称えるとともに原子物理学の分野において新鋭科学者を育成せんとした博士の遺志を継ぐ」博士に因んだ学術事業を興すべしという機運が，博士と親交の深かった国内外の学者や政財界人に高まりました。それを受けて当時の 吉田茂首相 を会長として「設立発起人会」が結成され、1955年12月5日に財団法人仁科記念財団（クリックで「寄附行為」をご覧いただけます）が設立されました。初代理事長は渋沢栄一翁の孫の渋沢敬三氏，常務理事は朝永振一郎博士です。設立に当たっては，わが国の財界からの寄附2,165万円，国内の個人の寄附234万円，海外の学者からの寄附約100万円，計約2,500万円をその基金としました。渋沢理事長は財団の基礎の確立に尽力されるとともに財政基盤の増強のため1960年に第2次募金を行い，続いて第2代朝永理事長が1969年から1976年にわたって第3次募金，第3代久保亮五理事長が1980年から第4次募金を行い，これらの募金によって「基本財産」は現在の約5億8,600万円に達しました。詳しい経緯は「仁科記念財団50年の歩み」(2005年刊行) にあります。

第4代西島和彦理事長の代の2001年に元仁科研究室研究員故中山弘美博士のご遺族からの約3,300万円のご寄附，第6代小林誠理事長の代の2013年には元仁科研究室研究員で当財団常務理事を務められた故玉木英彦博士からの遺贈寄附金約6,600万円を頂戴しました。そして2020年1月には，女性初の仁科記念賞受賞者であります故伊藤早苗博士 (元九州大学応用力学研究所教授、理事・副学長) からの遺贈寄附金5000万円を頂戴しました。これらの遺贈寄附金は「特定資産」に繰り入れ定款に謳う当財団公益目的事業の執行に限定した準備資金となっております。また，(公社) 日本アイソトープ協会からご寄附100万円，(公財) 科学振興仁科財団(岡山県里庄町)からはご寄附10万円 を毎年頂いております。